Lai gan Hartā ietvertais pamattiesību katalogs pieder pie Eiropas Savienības primārajām tiesībām un tai ir tāds pats spēks kā Eiropas Savienības līgumiem, vienlaikus Harta satur specifiskus tās piemērošanas un interpretēšanas noteikumus (51.–54. pants), kas nosaka tās darbības robežas. Viens no būtiskiem šādiem noteikumiem ir, ka ar Hartu netiek paplašināta Eiropas Savienības tiesību piemērošanas joma, kā arī netiek paplašināta Eiropas Savienības kompetence un noteikti jauni tās uzdevumi. Harta attiecas uz dalībvalstīm tikai tad, ja tās īsteno Eiropas Savienības tiesību aktus. Tādējādi Harta atšķiras no citiem instrumentiem, kas garantē pamattiesību aizsardzību, piemēram, Eiropas Cilvēktiesību konvencijas vai nacionālajiem pamattiesību noteikumiem, ko piemēro visos apstākļos.

Hartas piemērošanas ierobežojumu mērķa pamatā bija dalībvalstu vēlme saglabāt savu suverenitāti un nepieļaut, ka Harta pārveidotu Eiropas Savienību par cilvēktiesību organizāciju un Eiropas Savienības Tiesu – par vēl vienu cilvēktiesību tiesu. Vienlaikus Harta līdz ar tās spēkā stāšanos ir Latvijas tiesību sistēmas sastāvdaļa, un Hartas saturā ietilpst visa Eiropas Cilvēktiesību konvencija un Eiropas Cilvēktiesību tiesas prakse, jo tas ir Hartas minimums.

Eiropas Savienībā kopumā Hartas piemērošana iet plašumā, par ko liecina arī Eiropas Savienības Tiesai iesniegtie prejudiciālo nolēmumu lūgumi, kur lūgta ES tiesību aktu interpretācija kopsakarā ar Hartu, tomēr Latvijā, it īpaši krimināltiesību jomā, vērojama pārlieka pasivitāte attiecībā uz šī svarīgā instrumenta izmantošanu.