Iekšējās drošības akadēmijas darbības stratēģisko kontroli nodrošinās iekšlietu ministra izveidota Stratēģiskās uzraudzības padome, bet studiju iekšējās kvalitātes kontroli un studiju procesa jautājumu koordināciju īstenos Studiju programmu padome.

Stratēģiskās uzraudzības padomes sastāvā ir 11 locekļi no Iekšlietu ministrijas, Rīgas Stradiņa universitātes, Latvijas Universitātes, Valsts policijas koledžas, Valsts policijas, Izglītības un zinātnes ministrijas, Ģenerālprokuratūras un Valsts ieņēmumu dienesta. Tās kompetencē ir apstiprināt Studiju programmas padomes sastāvu, lemt par stratēģiskiem ar konsorcija darbību saistītiem jautājumiem, apstiprināt konsorcija studiju programmas, pētniecības programmu, zinātniskās darbības virzienus un pieredzes prasības pedagogiem, kontrolēt piešķirtos valsts budžeta līdzekļus u.