IZM piešķir valsts finansējumu pašvaldībām pedagogu darba samaksai, ņemot vērā skolēnu skaitu atbilstošajā izglītības programmā un tai noteiktos papildu koeficientus. Ministrija nodrošina līdzekļu izlietojuma kontroli, pēc nepieciešamības veicot grozījumus normatīvajos aktos, tādējādi sekmējot pedagogu atalgojuma sistēmas sakārtošanu un darba samaksas paaugstināšanu. Lai  veicinātu efektīvu līdzekļu pārvaldību, noteikts, ka pašvaldībām ministrijai ik gadu jāiesniedz pārskati par piešķirtā finansējuma izlietojumu. Ministrija pārskatus izvērtē, datus analizē un veic normatīvajos aktos noteiktās kontroles.

Pedagogiem atalgojumā ir jāsaņem viss valsts piešķirtais finansējums, un tam pilnā apmērā jāatspoguļojas tarifikācijā. Tāpēc pašvaldību izglītības iestāžu kopējais pedagogu tarifikācijās uz kārtējā gada 1. septembri neatspoguļotais finansējums nedrīkst pārsniegt 2 % no pašvaldībai piešķirtās mēneša mērķdotācijas. Ja pašvaldībā gada beigās izveidojies neizlietotās valsts mērķdotācijas uzkrājumu lielāks par 1 %, tad attiecīgi nākamajā periodā ministrija samazina mērķdotāciju pārsniegtās summas apmērā. Šī norma pirmo reizi tiek piemērota no šā gada 1. septembra, un ir veikts ieturējums kopumā par 1,4 miljoniem eiro.

Revīzijas ziņojumā atsevišķos jautājumos ir novērojama nepilnīga izpratne par izglītības sistēmas pārvaldību, pašvaldību un to izveidoto iekšējās kontroles sistēmu dažādību. Ministrijas ieskatā pašvaldības, kuras tika izvēlētas kā revidējamās vienības, ir mazas pašvaldības ar salīdzinoši nelielu audzēkņu skaitu, ar vienveidīgu izglītības iestāžu tīklu. Vēršam uzmanību, ka revīzijai izvēlētā skolu un pašvaldību izlase nav visaptveroša un neļauj vispārināt revīzijā secināto par kopējo pedagogu darba samaksas organizēšanu Latvijā. 32 jeb 4,8 % no 660 pašvaldību vispārējās izglītības iestādēm, kurās mācās 2,6 % no pašvaldību vispārējās izglītības iestāžu skolēniem, un 10 no 119 pašvaldībām nav pietiekami reprezentatīva izlases kopa.

Vienlaikus atsevišķi ieteikumi var palīdzēt pašvaldībām pilnveidot to iekšējās kontroles sistēmu, lai to izglītības iestādēs būtu vienota pieeja normatīvā regulējuma piemērošanā. Pašvaldībām kā skolu dibinātājam ir pienākums organizēt procesu tā, lai valsts piešķirto finansējumu pedagogu darba samaksai izlietotu racionāli un efektīvi, rūpējoties gan par realitātei atbilstošu skolu tīklu, gan par pedagoģiskā personāla skaitu, lai bērniem tiktu nodrošinātas kvalitatīvas un pieejamas izglītības iespējas. Revīzijas ziņojumā gan nav atrodama informācija par pašvaldību, tajā skaitā izglītības pārvalžu, darbību, nodrošinot pedagogu atlīdzības sistēmas iekšējās kontroles. Nav arī vērtēti cēloņi, kādēļ pašvaldību izglītības iestādes ir pārkāpušas normatīvo aktu prasības, vai tā ir sarežģīta un neskaidra normatīvā bāze, vai arī izglītības iestāžu  rīcības sekas.

Revīzijā konstatētā atšķirīgā pieeja piemaksu, prēmiju un naudas balvu kritēriju noteikšanas un piešķiršanas kārtībā vienas pašvaldības skolās liecina par pašvaldības izglītības pārvaldes nepietiekamu iesaistīšanos izglītības procesā. Pašvaldības nenodrošina pietiekamu kontroli pār to, vai izglītības iestādes izpilda Ministru kabineta noteikumos prasīto, ka izglītības iestādē jābūt izstrādātai kārtībai piemaksu, prēmiju un naudas balvu noteikšanai ar skaidri definētiem kritērijiem. Saskaņā ar Pedagogu darba samaksas noteikumiem pedagogu mēneša darba algas likmi nosaka izglītības iestādes vadītājs, tāpat noteikumos skaidri definēta piemaksu noteikšana pedagogiem par darbu īpašos apstākļos.

Atbilstoši Izglītības likumam izglītības iestādes vadītājs savu pilnvaru ietvaros patstāvīgi lemj par izglītības iestādes intelektuālo, finanšu un materiālo līdzekļu izmantošanu un nosaka izglītības iestādes darbinieku darba samaksu, kas nav mazāka par Ministru kabineta noteikto darba samaksu. IZM vienmēr ir uzsvērusi izglītības iestāžu autonomijas nozīmi, kas sekmē skolu attīstību. Skolas direktors ir atbildīgs par darba organizēšanu un slodžu plānošanu, tai skaitā darbinieku amata aprakstu sagatavošanu un skaidriem kritērijiem piemaksām un citiem skolas iekšienē risināmiem atlīdzības jautājumiem. Vienlaikus ministrija ir strādājusi, lai veicinātu  birokrātiskā sloga samazināšanu, nodrošinot pedagogu darba samaksas kontroles mehānismus un finanšu  atskaišu pieejamību elektroniski.

IZM nepiekrīt apgalvojumam, ka Pedagogu darba samaksas noteikumi neatbilst Satversmei attiecībā uz pedagogu virsstundu darba apmaksu. Normatīvais regulējums neliedz apmaksāt pedagogu virsstundu darbu atbilstoši Darba likuma regulējumam, ja pedagoga darba specifika pēc būtības ir saistīta ar virsstundu darba veikšanu. Tāpat jāņem vērā, ka skolotājam, aizvietojot kolēģi prombūtnes laikā, nereti palielinās darba intensitāte, jo mācību process ir jāīsteno skolēniem pieejamā laikā. Tādēļ aizvietošanu apmaksājot kā virsstundu darbu, izveidotos situācija, ka darbinieks par vienu darba stundu saņemtu trīskāršu samaksu. Atbilstoši Valsts kontroles ieteikumiem IZM turpinās darbu pie pedagogu darba samaksas sistēmas pilnveides, izvērtējot iespēju ieviest normālās darba organizācijas elementus izglītības sistēmā.

Attiecībā uz iepazīstināšanu ar skolotājam tarificēto darba algu ministrija akcentē, ka jau šobrīd pie vienādas aprēķina sistēmas ir pašvaldības un izglītības iestādes, kas var izpildīt Darba likumā noteiktās normas un savlaicīgi informēt pedagogus par paredzamo slodzi un atlīdzību. Pašvaldībām un izglītības iestādēm rūpīgāk jāveic izglītības procesa un finanšu plānošanas darbs un jāpiemēro normatīvajos aktos noteiktās mērķdotāciju aprēķina formulas. Ministrija vairākkārtīgi rosinājusi veikt mērķdotāciju aprēķinu gada pēdējiem četriem mēnešiem, balstoties uz skolēnu skaitu mācību gada beigās, taču šāds priekšlikums nav guvis pašvaldību atbalstu.

Izglītības un zinātnes ministrija ir atvērta konstruktīvai sadarbībai ar Valsts kontroli, lai veicinātu ieteikumu  ieviešanu  un jau šobrīd ir saskaņojuši ieteikumu ieviešanas grafiku, tādējādi iespēju robežās pilnveidojot mērķdotāciju piešķiršanas un izlietošanas kontroles procesus.