Ministri lēmumu pieņēma balsojot. Priekšlikumu neapstiprināt Muižnieku LU rektora amatā atbalstīja visi ministri, izņemot trīs no partijas "KPV LV", kuri atturējās atbalstīt IZM sagatavoto rīkojuma projektu. Iekšlietu ministrs Sandis Ģirģens (KPV LV) uzsvēra, ka valdība nevar būt arbitrāžas tiesa, savukārt ekonomikas ministrs Ralfs Nemiro (KPV LV) sliecās atbalstīt LU studentu pausto, kuri aizstāvēja augstskolas autonomijas principu.

Balstoties uz Valsts kancelejas paustajām bažām par IZM sagatavoto rīkojuma projektu, kas paredzēja neapstiprināt Muižnieku LU rektora amatā, valdība pagājušajā nedēļā nolēma atlikt jautājuma izskatīšanu uz nedēļu, lai dotu laiku ministrijai sagatavot pamatotāku rīkojuma projektu.

Valsts kancelejas juriste pagājušās nedēļas valdības sēdē skaidroja, ka kanceleja sniedz tikai juridisko viedokli, bet lēmumu jāpieņem valdībai. Kancelejas juriste gan secināja, ka pamatā visa IZM argumentācija balstās uz apsvērumiem pieņēmumu formā, uz kuriem Ministru kabinets balstīties nevar. Viņi norādīja, ka ir divas iespējas - rīkojuma projektu labot vai arī ministriem jābalso un jāpieņem konkrēts lēmums.

Premjers piedāvāja šo jautājumu sadalīt un pagājušajā nedēļā nelemt par Muižnieka apstiprināšanu rektora amatā, bet lemt par otro jautājumu, kas nosaka, ka IZM sadarbībā ar Kultūras ministriju, Veselības ministriju un Zemkopības ministriju līdz 17. decembrim sagatavo un izglītības un zinātnes ministrei Ilgai Šuplinskai (JKP) iesniedz izskatīšanai konceptuālo ziņojumu par augstskolu un valsts zinātnisko institūtu iekšējās pārvaldības modeļa maiņu. Ministri šo priekšlikumu atbalstīja.

Šodien valdībā otro reizi izlabotajā IZM Ministru kabineta rīkojuma projektā teikts, ka izvērtējot un pārbaudot tai pieejamo informāciju par LU rektora vēlēšanām 24. maijā un 6. jūnijā notikušajās LU Satversmes sapulces sēdēs, konstatēta virkne būtisku Augstskolu likuma un LU Satversmes pārkāpumu, kuru rezultātā ir apšaubāms Muižnieka ievēlēšanas tiesiskums.

Ministrijas sagatavotais valdības rīkojuma projekts paredzēja neapstiprināt LU rektora amatā Muižnieku, jo, valdības ieskatā, LU nav nodrošinājusi atklātu, vispārēju un pārredzamu, labiem pārvaldības principiem atbilstošu rektora vēlēšanu norisi. Organizējot tādu rektora vēlēšanu procesu, kas ir sabiedrībai nesaprotams, sasteigts un acīmredzami nepārdomāts, LU ir nodarījusi kaitējumu savai reputācijai gan vietējā, gan starptautiskā mērogā, teikts rīkojuma projektā.

IZM rīkojuma projektā norādīja faktu, ka 24. maijā notikušajās rektora vēlēšanās 13 Satversmes sapulces dalībniekiem nebija tiesību piedalīties šajā balsojumā un pirmajā vēlēšanu kārtā tieši 13 balsis šķīra abus kandidātus, paužot, ka iespējams, prettiesiska dalība rektora vēlēšanās varētu būt ietekmējusi balsošanas rezultātu.

Tāpat, neesot ticis ievērots arī tas, ka studentu padomē ir jābūt iekļautiem pārstāvjiem no universitātes 13 fakultātēm. Padomē nav tikuši iekļauti studējošo pārstāvji no universitātes aģentūrām - "Latvijas Universitātes Rīgas Medicīnas koledža" un "Latvijas Universitātes Rīgas 1. medicīnas koledža", kas nozīmē - minēto aģentūru studējošo intereses netiek pārstāvētas ne vien universitātē, bet arī Latvijas Studentu apvienībā, kas ir Augstskolu likuma pārkāpums.

Projektā arī norādīts, ka studējošo pārstāvji Satversmes sapulcē nav ievēlēti, bet gan deleģēti, kas ir pretēji Augstskolu likumā un universitātes Satversmē noteiktajam.

Kā būtisks pārkāpums tiek norādīts arī uz 24. maija LU Balsu skaitīšanas komisijas priekšsēdētāja Ģirta Stinkuļa un Satversmes sapulces priekšsēdētāja Māra Kļaviņa pretrunīgajiem paziņojumiem - Stinkulis paziņojis, ka par universitātes rektoru "(..) nav ievēlēts neviens no pretendentiem un tiek noteikta vēlēšanu otrā kārta", savukārt Kļaviņš paziņojis, ka par universitātes rektoru "(..) ir ievēlēts profesors Indriķis Muižnieks".

IZM apgalvo, ka Kļaviņam nebija nekāda tiesiska pamata izdarīt šādu paziņojumu, jo Muižnieks nebija saņēmis klātesošo LU Satversmes sapulces dalībnieku balsu vairākumu, turklāt "pret" viņa ievēlēšanu LU rektora amatā bija balsojuši vairāk dalībnieku nekā "par".

Kā pārkāpums noteikts arī Muižnieka solis par LU Satversmes sapulces ārkārtas sēdes sasaukšana, jo no LU Satversmes noteiktā regulējuma izriet, ka ārkārtas Satversmes sapulces sēde jāsasauc, ja rektors to pieprasa, nevis pats to sasauc un vienpersoniski nosaka tās darba reglamentu. Sapulces ārkārtas sēdes gadījumā minētais būtu jādara Satversmes sapulces priekšsēdētājam Kļaviņam, kurš ir atbildīgs par sapulces vadīšanu.

IZM arī vērsa uzmanību, ka, sasaucot ārkārtas sēdi, netika iepriekš minēts, ka notiks atkārtotas vēlēšanas. Jautājums tika iekļauts darba kārtībā notikušās sēdes sākumā, kad tika paziņota sēdes darba kārtība.

Lēmumu par Muižnieka neapstiprināšanu LU rektora amatā saskaņā ar Administratīvā procesa likumu var pārsūdzēt Administratīvajā rajona tiesā mēneša laikā no šā rīkojuma publicēšanas dienas oficiālajā izdevumā "Latvijas Vēstnesis".

LU, kopš IZM lūdza Izglītības kvalitātes valsts dienestam (IKVD) sniegt atzinumu par vēlēšanu tiesiskumu, ir noliegusi visus tai piedēvētos pārkāpumus un pat pieaicināja divus zvērinātu advokātu birojus veikt neatkarīgu atzinumu. Juristi norādīja, ka LU neesot būtiski pārkāpusi Augstskolu likumu un LU Satversmi, lai Muižnieku neapstiprinātu amatā.

LU vairākkārtīgi ziņoja, ka gadījumā, ja Muižnieks netiks apstiprināts rektora amatā, lēmums tiesas ceļā tiks apstrīdēts un LU tiesā pārstāvēs zvērinātu advokātu birojs "PricewaterhouseCoopers Legal". Universitāte jau vakar vērsās Administratīvajā rajona tiesā ar pieteikumu pret Latviju, lūdzot tiesu uzlikt par pienākumu Ministru kabinetam izdot labvēlīgu administratīvo aktu - apstiprināt Muižnieku par LU rektoru. Augstskola vērsusies tiesā, lietā atbildētāja pusē pieaicinot Šuplinsku un Ministru kabinetu. Augstskolu tiesā pārstāvēs zvērināts advokāts Benno Butulis.