Augstākā tiesa spriedumā analizējusi Eiropas Savienības Tiesas judikatūru un norāda, ka apgabaltiesa ir izdarījusi Pievienotās vērtības nodokļa direktīvas 61. pantam neatbilstošu secinājumu, jo atzinusi, ka pievienotās vērtības nodoklis maksājams dalībvalstī, kuras teritorijā prece ir izņemta no muitas uzraudzības, t.i., Igaunijā. Apelācijas instances tiesa nav ņēmusi vērā, ka izskatāmajā lietā pievienotās vērtības nodokļa maksāšanas saistības atbilstoši šās direktīvas 61. pantam var rasties arī vietā, kur rodas muitas parāds– ko apgabaltiesa spriedumā ir atzinusi, ka tā ir Latvijas Republika. Lieta atceltajā sprieduma daļā nodota jaunai izskatīšanai Administratīvajā apgabaltiesā.

Pieteicēja VAS „Latvijas dzelzceļš” ārējās tranzīta procedūras ietvaros veica preču (akumulatoru) pārvadājumu dzelzceļa vagonā uz Igauniju. Saņemot preces galapunktā, tika konstatēts kravas iztrūkums, par ko Valsts ieņēmumu dienests noteica pieteicējai pienākumu maksāt muitas nodokli, pievienotās vērtības nodokli un nokavējuma naudu. Nepiekrītot dienesta lēmumam, pieteicēja iesniedza pieteikumu tiesā, lūdzot to atcelt.

Izskatījusi lietu apelācijas kārtībā, Administratīvā apgabaltiesa atcēla dienesta lēmumu daļā par pievienotās vērtības nodokļa aprēķinu. Tiesa atzina, ka ievedmuitas nodokļos neietilpst par preču ievešanu maksājamais pievienotās vērtības nodoklis. Savukārt atbilstoši pievienotās vērtības nodokļa direktīvai (2006/112/EEK) nodoklis kļūst iekasējams vienīgi tad, kad uz precēm vairs neattiecas ārējā tranzīta procedūra. Tādējādi par preču importa vietu tiesa atzina Igauniju, kuras teritorijā uz precēm beidza attiekties muitas režīms. Ņemot vērā minēto, tiesa secināja, ka dienests nav pamatojis pievienotās vērtības nodokļa maksāšanas pienākumu un to, kāpēc šis nodoklis ir jāmaksā Latvijā, ja reiz muitas procedūras tranzīts noslēgšana ar neatbilstību tika konstatēta Igaunijā.